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1 | MOD Curator Conference Call Schedule | |||||||||||||||||||||||||||||||||
2 | Date and link to meeting notes | Communication venues (#slack channels and document links) | Topic | Presenters | Minute taker | |||||||||||||||||||||||||||||
3 | 5/4/2016 | #zfin, #wormbase | Series Overview and MOD site overview | Doug Howe (ZFIN), Karen Yook (WormBase) | Chris Grove (WB) | Gray = Past Meetings. | ||||||||||||||||||||||||||||
4 | 5/11/2016 | #flybase, #rgd | MOD site overview continued | Chris Tabone (FB), Stan (RGD) | Doug Howe (ZFIN) | Green = Upcoming Meetings. | ||||||||||||||||||||||||||||
5 | 5/18/2016 | #mgi, #sgd | MOD site overview continued | David Shaw (MGI), Edith Wong (SGD) | Karen Yook (WB) | |||||||||||||||||||||||||||||
6 | 5/25/2016 | #we_need_a_new_name | PI summary of NHGRI meeting/Review of curator call details | Paul S. and the PIs, Karen Yook | Chris Grove (WB) | |||||||||||||||||||||||||||||
7 | 6/1/2016 | #phenotypes | Phenotype methods (PATO/non-PATO etc) and annotated objects (gene, genotype, feature, etc) | Rob Nash, Yvonne Bradford, Chris Grove, Gillian Millburn, Jennifer Smith, Sue Bello, Chris Mungall | Richard Baldarelli (MGI) | |||||||||||||||||||||||||||||
8 | 6/8/2016 | #phenotypes | Phenotype Search/Browse/Results | Ceri Van Slyke (ZFIN), Raymond Lee (WB), Chris Mungall (GO), Sue Bello (MGI), Aoife Larkin (FB) | Edith Wong (SGD) | |||||||||||||||||||||||||||||
9 | 6/15/16 | #human_disease_models, #phenotypes, #pathways | Deriving gene-to-disease and gene-to-phenotype annotations (see comments for this topic by clicking on it in the topic signup table below, currently row #47) | Sue Bello (MGI) Doug Howe (ZFIN) | Leyla Ruzicka (ZFIN) | |||||||||||||||||||||||||||||
10 | 6/22/16 | Orthology | Steven Marygold (FB), Mary Dolan (MGI), Edith Wong (SGD), Ken Frazer (ZFIN), Stan (RGD), Michael Paulini (WB) | Chris Tabone (FB) | ||||||||||||||||||||||||||||||
11 | 6/29/16 | #phenotypes | Phenotype Curation Interface | Ceri Van Slyke (ZFIN), Chris Grove (WB) Jennifer Smith (RGD), (MGI - none), (FlyBase - none), (SGD - none) | Sue Bello (MGI) | |||||||||||||||||||||||||||||
12 | 7/6/16 | Nomenclature | Mary Ann Tuli(WB), Sue Bello(MGI, alleles), Amy Singer (ZFIN), Gillian Millburn (FB) | Moni Munoz-Torres (GO) | ||||||||||||||||||||||||||||||
13 | 7/13/16 - 7/17 | GSA - TAGC meeting | -- | -- | -- | |||||||||||||||||||||||||||||
14 | 7/20/16 | #curation_tools | Curation Status and Tracking | Ceri Van Slyke (ZFIN),Gillian Millburn (FB), Chris Grove (WB) | Jennifer Smith (RGD) | |||||||||||||||||||||||||||||
15 | 7/27/16 | #phenotypes #curation_tools | Phenotype curation interface Round 2 | Chris Mungall (GO), Sue Bello (MGI) | SGD | |||||||||||||||||||||||||||||
16 | 8/10/16 | #curation_tools | Curation Status and Tracking Round 2 | Edith (SGD) | Karen Yook (WB) | |||||||||||||||||||||||||||||
17 | 8/17/16 | #curation_tools | NLP to aid curation | Stan (RGD), Kimberly (WB) | ZFIN | |||||||||||||||||||||||||||||
18 | 8/24/16 | #curation_tools | NLP to aid curation | Rocky/Monica (MGI) | Chris Tabone (FB) | |||||||||||||||||||||||||||||
19 | 8/31/16 | #visualization | Genome Browsing | Jennifer (RGD), Gil (FB), Sridhar (ZFIN) | MGI | |||||||||||||||||||||||||||||
20 | 9/14/16 | #visualization | Genome Browsing | Edith (SGD), Paul Hale (MGI), Scott Cain (WB) | Moni Munoz-Torres (GO) | |||||||||||||||||||||||||||||
21 | 9/21/16 | -skip | ||||||||||||||||||||||||||||||||
22 | 9/28/16 | #curation_tools | Allele Annotation | Sue (MGI), Amy (ZFIN), Maryann (WB) | RGD | |||||||||||||||||||||||||||||
23 | 10/12/16 | #phenotypes #curation_tools | Expression as Phenotype Annotations | Leyla R. (ZFIN), Chris G (WB) | SGD | |||||||||||||||||||||||||||||
24 | 10/19/16 | Human disease - data types annotated to human diseases (phenotypic model, genetic model, biomarker, etc) | Sue (MGI) | Kimberly Van Auken (WB) | ||||||||||||||||||||||||||||||
25 | 10/26/16 | Curation Styles - paper by paper, topic by topic, gene by gene, whole paper per curator, one topic per curator, etc. | Sue (MGI), Daniela (WB), Amy (ZFIN) | ZFIN | ||||||||||||||||||||||||||||||
26 | 11/2/16 | -skip | ||||||||||||||||||||||||||||||||
27 | 11/9/16 | -skip | ||||||||||||||||||||||||||||||||
28 | 11/16/16 | Curation Styles - paper by paper, topic by topic, gene by gene, whole paper per curator, one topic per curator, etc. | Rob (SGD) Gillian (FB) | FB | ||||||||||||||||||||||||||||||
29 | 11/23/16 | -skip | ||||||||||||||||||||||||||||||||
30 | 11/30/16 | #small_molecules | Small Molecules - includes - metabolites as well as toxins, drugs, etc. used to assay gene expression, phenotypes, etc. Description of all ways that small molecules are included in curation and what ontologies are used. | Karen (WB), Sabrina (ZFIN) | Kimberly Van Auken (GO) | |||||||||||||||||||||||||||||
31 | 12/7/16 | #visualization | JBrowse / Apollo integration, Genome / Sequence Annotation. | What entities does each group represent and how are they generated? | Moni (GO, BBOP) Sridhar (ZFIN) Gary (WB) | MGI | |||||||||||||||||||||||||||||
32 | 12/14/16 | #phenotypes | How to allow both EQ style and precomposed style phenotypes | Sue (MGI) Chris G. (WB) Chris M. (GO) | RGD | |||||||||||||||||||||||||||||
33 | 12/21/16 | -skip | ||||||||||||||||||||||||||||||||
34 | 12/28/16 | -skip | ||||||||||||||||||||||||||||||||
35 | 1/4/17 | -skip - first Wed | ||||||||||||||||||||||||||||||||
36 | 1/11/17 | Community Annotation | Chris G. (WB) Val Wood (PomBase) | SGD | ||||||||||||||||||||||||||||||
37 | 1/18/17 | Gene interactions - pathway possibilities Topic skipped, no presenters. | ||||||||||||||||||||||||||||||||
38 | 1/25/17 | Gene interactions - pathway possibilities | Chris G. (WB) | Ranjana Kishore (WB) | ||||||||||||||||||||||||||||||
39 | 2/1/17 | -skip- first Wed | ||||||||||||||||||||||||||||||||
40 | 2/8/17 | Gene Expression - low throughput- Curation interface, annotated entities and Web display | Daniela Raciti (WB) Connie Smith (MGI/GXD) | ZFIN | ||||||||||||||||||||||||||||||
41 | 2/15/17 | Mine features and MOD features - what features are unique to mines, which are unique to MODs, where is there overlap? Topic skipped - no presenters | ||||||||||||||||||||||||||||||||
42 | 2/22/17 | #modmines | Integration of phenotype data skipped | Chris Mungall (GO) | ||||||||||||||||||||||||||||||
43 | 3/1/17 | -skip- first Wed | ||||||||||||||||||||||||||||||||
44 | 3/8/17 | Bgee | Frédéric Bastian | FB | ||||||||||||||||||||||||||||||
45 | 3/22/17 | Synteny Browsers | Michael Paulini, Paul Hale | GO | ||||||||||||||||||||||||||||||
46 | 4/12/17 | Community support - "Colleague" information, person records, lab records, etc. ; Community Outreach, social media | Cecilia Nakamura (WB) - for person curation. Chris Grove - mentioning live chat for help (WB) Moni Munoz-Torres (GO) - brief comments on outreach and update on community support. Doug Howe (ZFIN) - Person/Lab/Company, Twitter, community input | MGI | ||||||||||||||||||||||||||||||
47 | Curator topics are on Sheet 2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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