Rebecca Bluegarden se rend dans le royaume quasi désert de Granbell dont elle rencontre le seul habitant humain, Shiki, qui aimerait être son ami.
En chemin vers Blue Garden, Rebecca encourage Shiki à obtenir sa licence d'aventurier et lui demande d'être leur garde du corps, à elle et Happy.
Shiki perd son sang-froid quand la célèbre B-Cubeuse Lavira se moque de la chaîne B-Cube inférieure de Rebecca. Par la suite, Shiki obtient sa licence d'aventurier.
Sur la planète Norma bloquée 50 ans dans le passé, Happy et Rebecca rencontrent un docteur Wise jeune, celui qui a sauvé Happy il y a fort longtemps.
Shiki et la bande s'introduisent dans le repaire de Sybille pour récupérer Pino, mais Wise profite du chaos pour tenter d'accaparer l'androïde.
Pendant que Shiki et la bande essaient de quitter Norma à bord de l'Aqua Wing, Wise apparaît soudain, offrant de les aider... mais il attend quelque chose en retour.
Après être monté à bord du vaisseau pirate Skull Fairy, Shiki se dirige vers le pont pour affronter Erzy Crimson et lui disputer le vaisseau.
Witch informe Shiki qu'elle a pris les commandes de l'Edens Zero et lui explique en outre que le vaisseau n'a pas encore récupéré sa puissance d'origine.
Pendant que Shiki et les autres volent au secours de Rebecca, Wise rentre sur l'Edens Zero avec une femme qui s'appelle Homura.
Homura s'appuie sur ses pouvoirs Soul Blade pour combattre les hommes de Sister. De son côté, Rebecca organise son évasion d'Illega Tower.
Alors que le Croque-Mitemps approche de la planète Guilst, Shiki est dégoûté de voir Sister utiliser Jin comme bouclier... Jusqu'à ce qu'une autre Sister apparaisse !
Witch et Sister Ivly se retrouvent enfin, tandis qu'Homura révèle la véritable raison de sa présence à bord de l'Edens Zero.
Après avoir retrouvé Harmit sur Iron Hill, l'équipage comprend que l'androïde est dans un état de veille inhabituel, car elle a le cœur brisé.
La bande se rend sur la planète virtuelle de Digitalis à la recherche d'Harmit, mais cette dernière refuse catégoriquement de remonter à bord d'Edens Zero.
Shiki et les autres sont stupéfaits de rencontrer le double d'Homura, alors qu'elle avait annoncé rejoindre Drakkhen Joe.
Spider pirate le système d'Edens Zero et entreprend de détruire le vaisseau de l'intérieur. Harmit est la seule à pouvoir l'arrêter.
Afin de trouver la dernière des Quatre Étoiles Brillantes du Grand Démon, Shiki et ses compagnons se mettent en route pour Mildian, la planète du temps.
Au Battle Coliseum, Xiaomei promet à Shiki et aux autres de leur livrer les informations qu'ils recherchent… à condition qu'ils parviennent à battre leurs adversaires.
Après les révélations de Xiaomei, l'équipage d'Edens Zero part en direction de Sun Jewel pour aider Homura à retrouver la personne qu'elle considère comme son maître.
Shiki et Homura se retrouvent dans un camp de travail où ils sont forcés d'extraire du métal précieux pour le compte d'une certaine Dame Écarlate.
Nino conduit Rebecca, Pino et Happy jusqu'à la zone de travail forcé où ils rencontrent un dénommé Paul, qui leur confie être le disciple de Maître Valkyrie.
Quand Homura était enfant, grandissant sur une planète déchirée par la guerre, Valkyrie l'a prise sous son aile et l'a élevée comme sa propre fille.
Shiki et sa bande affrontent la Dame Écarlate. Revoir Valkyrie remplit Homura de tristesse, tandis que Drakkhen Joe pirate l'Œil écarlate.
Baku ne fait pas le poids face à l'Arsenal conçu par Wise. Rebecca affronte Nino pendant que Shiki combat le Knight Gear contrôlé par la Dame Écarlate.
Après le combat opposant Shiki au Chevalier d'Acier, tout le monde remonte à bord d'Edens Zero où se répand une bien triste nouvelle.