En este segundo tomo del informe se detalla el análisis sobre: casos emblemáticos en gobiernos regionales y locales (Amazonas, La Libertad, Huánuco, Ayacucho, Ucayali, Loreto, San martín, Pasco, Junín, Cusco, Apurímac y Huancavelica) Así como, vínculos a partidos políticos nacionales, la relación entre narcotráfico y terrorismo, financiamiento de partidos. Finalmente, incluye conclusiones y recomendaciones de la comisión.