Les idées claires sur le Covid-19 : les variants

L’arrivée des premiers vaccins contre le Covid-19 à la fin de l’année 2020 a fait souffler un vent d’optimisme. Elle laissait penser que la situation ne pouvait que rapidement s’améliorer, et qu’il suffirait de faire preuve d’un peu de patience, le temps que les restrictions sanitaires puissent être progressivement levées. Emmanuel Macron saluait « une formidable lueur d’espoir ».

Mais une mauvaise nouvelle est vite venue casser cet élan. A six jours des fêtes de Noël, le premier ministre britannique, Boris Johnson, annonce le reconfinement d’une partie du Royaume-Uni à cause d’une nouvelle flambée épidémique liée à un nouveau variant du SARS-CoV-2. En quoi ce variant, et plusieurs autres par la suite, bouleversent-ils la donne ?

Un variant plus contagieux qui « dope » l’épidémie

Le phénomène de mutation est très courant chez les virus à acide ribonucléique (ARN), la grande famille à laquelle appartiennent les coronavirus comme le SARS-CoV-2. Pour se multiplier, ces virus se répliquent. Or ce processus n’est pas parfait : une des très nombreuses briques qui composent leur matériel génétique peut être mal copiée et aboutir à une nouvelle version du virus.

Ces mutations sont fréquentes, et les scientifiques les répertorient pour composer l’arbre de l’évolution du virus. Dans cet arbre, les branches correspondent à ce que l’on appelle des lignées. Lorsqu’un même ensemble de mutations se distingue, on parle alors de variant.

L’apparition de nouveaux variants n’est pas un problème, sauf lorsqu’ils présentent de nouvelles caractéristiques préoccupantes. C’est le cas du variant 501Y.V1 dit « britannique », identifié pour la première fois au Royaume-Uni en décembre 2020. Il présente la spécificité d’être plus contagieux – de l’ordre de 50 % à 70 % de plus que les souches qui circulaient jusqu’alors, selon les dernières estimations. A mesures sanitaires égales, ce variant se diffusera beaucoup plus vite que ce qui était observé avant son apparition.

Ce phénomène s’est vérifié puisque ce variant est passé de 2 % à 60 % des cas confirmés de Covid-19 en France entre début janvier et début mars. C’est d’autant plus inquiétant que le variant 501Y.V1 pourrait de surcroît être plus létal, selon plusieurs travaux publiés sur le sujet.

Le variant britannique amplifie la dynamique de l’épidémie, ce qui a conduit le gouvernement à appliquer un confinement partiel dans plusieurs villes de France. A l’inverse, l’effet attendu de la vaccination à grande échelle devrait être de réduire la diffusion du virus. L’enjeu du printemps, en France, est donc de savoir laquelle de ces deux tendances prendra le dessus.

Le risque d’une résistance aux vaccins

Les mutations du virus présentent d’autres risques à plus long terme. Ainsi, d’autres variants sont suspectés de présenter une forme de résistance à l’immunité acquise grâce à un vaccin ou à une infection antérieure.

Cela ne semble pas être le cas du variant britannique, mais les scientifiques observent avec attention deux autres variants : il s’agit du 501Y.V2, dit « sud-africain », ainsi que du 501Y.V3, dit « brésilien ». Les données accumulées ces dernières semaines sur la question ont fait émerger plusieurs problèmes spécifiques à ces mutants.

Les vaccinés seraient moins bien protégés face à ces deux variants que face au coronavirus jusqu’alors dominant. Ce phénomène est encore mal cerné par les scientifiques, mais il est préoccupant, notamment parce qu’il ne semble pas exclure les formes graves de la maladie. Mi-février, par exemple, un cas de réinfection grave d’un patient (non vacciné) au Covid-19 a été signalé à Mulhouse, en lien avec le variant sud-africain.

Si, pour l’heure, les données montrent que les premiers vaccins conservent une efficacité tolérable dans la lutte contre les variants, les stratégies vaccinales vont devoir rapidement s’adapter aux variants qui risquent d’émerger. Le scénario privilégié aujourd’hui serait de devoir effectuer des rappels de vaccination périodiques avec des vaccins adaptés aux lignées du SARS-CoV-2 prédominantes. Une forme de « mise à jour » régulière.

Reste tout de même le risque que d’autres mutations fassent émerger des variants résistants à la vaccination. En effet, rien ne garantit que, même adaptés, les vaccins restent aussi efficaces. La performance du vaccin contre la grippe, par exemple, varie fortement d’une année à l’autre.

Récemment, les autorités sanitaires françaises ont fait état d’un autre variant, dit « breton ». Il ne semble à ce stade ni plus létal, ni plus contagieux, mais pourrait être plus difficile à identifier par les tests RT-PCR utilisés aujourd’hui.

L’existence de cette menace plaide en faveur d’une maîtrise de l’épidémie dans la durée partout dans le monde. Car plus le virus circule, plus les risques de voir des mutations problématiques se produire sont élevés.